El templo es uno de los edificios más significativos del estilo barroco en la provincia de Sevilla. El monumento histórico data del siglo XVIII, cuando la localidad formaba parte de los dominios del Conde de Cañete. Destacan los retablos, con imágenes y tallas de gran calidad estética, y los numerosos ejemplos de orfebrería.
Sevilla Actualidad. El Consejo de Gobierno acuerda inscribir en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz, con la categoría de Monumento, la Iglesia de San Juan Bautista en Las Cabezas de San Juan. Este edificio constituye el principal referente histórico y urbanístico del municipio convirtiéndose así en uno de los más representativos del estilo barroco en toda la provincia sevillana.
El templo, construido en ladrillo y mampostería, destaca por el valor artístico de sus capillas. La Mayor y la del Sagrario albergan retablos neoclásicos y barrocos, con la imagen de un Cristo fechado en el siglo XVI como principal obra artística de su patrimonio. Asimismo, la Bautismal posee una pila de mármol blanco de la misma época.
Respecto a las fachadas, la principal presenta una portada enmarcada por columnas sobre pedestales, situándose la torre en el lado izquierdo. Las laterales, más sencillas, tienen paramentos blancos divididos por pilastras de color ocre. Otros elementos destacados del edificio son el coro, con sillería y reja, y la sacristía, donde se encuentra un aguamanil de jaspe de Morón del siglo XVIII.
El decreto de declaración de monumento incluye 71 bienes muebles que se conservan en la iglesia, principalmente obras de arte de los siglos XVI al XIX. Entre ellas destacan las esculturas del Crucificado (siglo XVI), San Pedro (XVII) y San Juan Bautista (XVIII), las pinturas de San Mateo y la de San Telmo (XVII) y San Pablo y San Simón (XVIII), así como diversos objetos como lámparas, sillones litúrgicos, confesionarios y cálices.