Un total de cinco organizaciones conservacionistas y un particular han formulado alegaciones contra la solicitud de autorización administrativa formalizada por el Ayuntamiento de Valencina de la Concepción para el proyecto de obra del Dolmen de la Pastora. Estas denuncian, entre otras cosas, la localización elegida para la instalación del centro del visitante propuesto por el Ayuntamiento. Esta construcción, según estas organizaciones, implica «serios riesgos» para el ‘tholos’ de La Pastora.
Las cinco organizaciones que denuncian la creación de este proyecto en el Dolmen de la Pastora son las siguientes: Asociación Valencina Habitable, la Asociación de Defensa del Territorio del Aljarafe (ADTA), la Asociación Ben Baso de Profesores para la Difusión y Protección del Patrimonio Histórico, la asociación de Amigos del Monasterio de San Isidoro y la asociación cultural Los Dólmenes.
La Asociación para la Defensa del Territorio del Aljarafe alertó que «la localización pretendida implica serios riesgos de deteriorar la integridad del dolmen de La Pastora, impactando negativamente sobre el entorno ambiental y paisajístico del monumento».
Además, denuncian la opacidad con la que se ha llevado el proyecto a manos del Ayuntamiento de Antonio Manuel Suárez. Este, no ha contado en ningún momento con la colaboración ciudadana. El Ayuntamiento de Valencina ya trató de establecer un proyecto igual años atrás. En ese intento, el pleno del Ayuntamiento del día 27 de marzo de 2012, rechazó la propuesta.